Biến đổi khí hậu, ô nhiễm, sao biển gai, và đánh bắt cá là những mối đe dọa chính đối với rạn san hô này. Các mối đe dọa khác gồm các tai nạn tàu bè, sự cố tràn dầu, và lốc xoáy nhiệt đới.[41] Bệnh ăn mòn khung xương của san hô gây ra bởi sinh vật đơn bào Halofolliculina corallasia làm ảnh hưởng đến 31 loài san hô.[42] Theo một nghiên cứu năm 2012 của Viện Hàm lâm Khoa học Quốc gia Hoa Kỳ, kể từ năm 1985, rạn san hô Great Barrier đã mất đi hơn một nửa phân nửa số loài với 2/3 trong số này xảy ra từ năm 1998 do các yếu tố nêu trên.[43]

Biến đổi khí hậu

Cơ quan quản lý Công viên biển Rạn san hô Great Barrier coi đây là mối đe dọa lớn nhất đối với Rạn san hô Great Barrier. Hiện tượng nóng lên của các đại dương khiến tăng quá trình tẩy trắng san hô.[44][45] Các sự kiện tẩy trắng san hô hàng loạt do nhiệt độ đại dương tăng cao xảy ra vào mùa hè năm 1998, 2002, 2006[46] và nó được dự kiến là sẽ trở thành hiện tượng thường niên.[47] Khi quá trình nóng lên toàn cầu tiếp tục, san hô sẽ không thể thích nghi kịp với nhiệt độ đại dương ngày càng tăng. Tẩy trắng san hô dẫn đến tăng tính nhạy cảm với bệnh tật, gây ra các tác động sinh thái bất lợi cho các loài cộng đồng rạn san hô.[48]

Vào tháng 7 năm 2017, UNESCO đã công bố một dự thảo bày tỏ mối quan ngại nghiêm trọng về tác động của việc tẩy trắng san hô tại Great Barrier. Quyết định dự thảo cũng cảnh báo Úc rằng, họ sẽ không đáp ứng các mục tiêu của rạn san hô trong báo cáo 2050 nếu không có hành động đáng kể để cải thiện chất lượng nguồn nước.[49]

Biến đổi khí hậu có ý nghĩa đối với các dạng sống khác của rạn san hô. Một số khu vực của rạn san hô từng là nhiệt độ ưa thích của một số loài cá nhưng nhiệt độ tăng khiến chúng tìm kiếm môi trường sống mới, do đó làm tăng tỷ lệ chết của nhiều con non của các loài chim biển săn mồi phụ thuộc vào nguồn cá đó. Biến đổi khí hậu cũng sẽ ảnh hưởng đến số lượng và môi trường sống của nhiều loài rùa biển.[50]

Hiện tượng tẩy trắng ở các cộng đồng san hô đáy ở độ sâu trên 20 mét hoặc 66 foot trong rạn san hô Great Barrier không được ghi nhận nhiều như tại các khu vực nước nông, nhưng nghiên cứu gần đây đã chỉ ra rằng chúng cũng đang phải đối mặt với nhiệt độ đại dương tăng lên. Năm loài san hô lớn sống ở tầng đáy của Great Barrier được tìm thấy là bị tẩy trắng bởi nhiệt độ cao, khẳng định rằng san hô đáy cũng đã bị ảnh hưởng bởi nhiệt độ.[51]

Ô nhiễm

Mối đe dọa quan trọng khác mà Great Barrier đang phải đối mặt là ô nhiễm biển và ô nhiễm nguồn nước. Các con sông ở phía đông bắc Úc gây ô nhiễm cho rạn san hô trong các đợt lũ lụt nhiệt đới. Hơn 90% quá trình ô nhiễm này gây ra bởi các dòng chảy từ trang trại.[52] 80% diện tích đất liền kế bên rạn san hô được sử dụng để canh tác, bao gồm trồng mía thâm canh và chăn thả bò thịt. Các biện pháp canh tác làm hỏng rạn san hô do quá mức khiến trầm tích nông nghiệp tăng, chất dinh dưỡng và hóa chất từ phân bón, thuốc diệt cỏ và thuốc trừ sâu gây nguy hại lớn cho san hô và đa dạng sinh học của các rạn san hô.[53] Trầm tích chứa hàm lượng đồng cao và nhiều kim loại nặng khác có nguồn gốc từ mỏ đồng lộ thiên Ok Tedi ở Papua New Guinea là một nguy cơ ô nhiễm tiềm tàng đối với các khu vực rạn san hô Great Barrier và khu vực phía bắcEo biển Torres.[54] Kết quả là khoảng 67% san hô đã chết ở khu vực phía bắc là nơi bị ảnh hưởng nặng nề nhất, theo báo cáo của Trung tâm nghiên cứu về rạn san hô ARC cho biết.[55]